在充满未知的魔幻世界里，十二星座的力量分别落入了囧囧小学的十二名孩子体内。为了争夺这些超能力，来自遥远囧囧星球的囧十二化身各种角色，试图利用“十二星座分辨法”来战胜他们。随着孩子们逐渐掌握了各自的星座能量，他们的性格也变得更加鲜明——有的善良纯真，有的调皮捣蛋，而他们在日常生活中闹出的一系列囧事也让人忍俊不禁。面对囧十二的种种诡计和威胁，囧囧小学的学生们依靠智慧与团结，一次次破解了囧十二精心设计的陷阱。在这一过程中，唐僧三师徒、忍者神龟以及哈里波波等强大盟友纷纷加入战斗行列，他们时而未雨绸缪提前干预，时而在关键时刻出奇制胜。这些孩子们不仅要在对抗囧十二的过程中成长，还必须应对考试压力和突如其来的外星人入侵等挑战。最终，囧十二不得不求助于大魔王，企图获得更强大的力量来战胜这十二星座少年。而在这场充满欢笑与泪水的冒险中，《囧囧十二座》第二季将揭晓更多关于这些孩子们的成长故事以及他们如何面对更大挑战的答案。
