《荆轲传奇》讲述了公元前260年，秦军攻打赵国，导致长平之战的惨烈。在那场战争中，赵国被灭，而赵国的流民则在荆爷爷的带领下逃到了快活谷中隐居。随着时间流逝，荆爷爷与好友樊于期都成长为英俊少年，并各自爱上了少女小沪。然而，命运弄人，由于生活艰辛，小沪最终不得不离开荆轲，嫁入了贾满贯家的青楼。面对背叛和绝望，荆轲被田光救出加入了“天灭”组织，走上了刺客之路。与此同时，樊于期为了寻找自己的心爱之人，屡立战功并获得了秦国秦王的认可。但他的内心始终无法释怀，秦王赐婚也无法消弭他对小沪的思念。在这场充满阴谋与斗争的宫廷剧中，荆轲遇到了盖聂，并学习成为了一名杰出的刺客。然而，一次任务中他失去了心爱的人采儿，这使得他开始怀疑自己的选择。在邂逅圣女云兮后，荆轲终于决定放弃刺客之路，追求和平的生活。与此同时，燕子丹作为人质被送到秦国，但他决意放自己返回燕国，并与田光策划刺杀秦王的计划，而荆轲则是唯一能完成这项任务的人。荆轲在百里香客栈暂时栖身，这里的老板娘喜鹊对他表现出极大的兴趣，但荆轲的心思依旧放在了如何脱离刺客组织和实现自己的理想上。最终，在燕子丹和田光的鼓励下，荆轲决定接受刺杀秦王的任务，以期结束这场无休止的战争与杀戮。
