正德十六年，朱厚熜登基为帝，李言闻被封为太医院吏目。好友吴药师因误诊小郡主而入狱，临终时将女儿吴斯语托付给李时珍作为补偿。长大后，李时珍进入阳明书院读书，与荆王府世子朱成翊同窗共读，两人却成了死对头。在一次行医过程中，李时珍遇见了郡主朱苌葶，并治愈了她的顽疾，两人因此产生了情愫。然而朱苌葶的真实身份却是荆王府的郡主，这为两人的关系增添了复杂性。李时珍决心要考取功名以图出人头地，却不幸被诬陷舞弊，失去功名的机会。在荆王府内，斯语发现郡主朱苌葶体内有铅中毒迹象，劝其停止服食丹药未果。嘉靖皇帝因服用假鹿茸长生不老丹而病重，李时珍被捕入狱，险些丧命。尽管如此，他并未放弃修纂《本草纲目》的初衷。在蕲州，李时珍亲自试药并收集资料，期间收留了倭寇小藤为徒。然而小藤却偷走了书稿，并杀害了斯语。尽管经历了种种磨难，李时珍仍坚持完成了《本草纲目》，并在万历十四年将其献给朝廷。最终，《本草纲目》被广泛传播至东亚各国，成为中华医学的重要瑰宝。而李时珍则在完成心愿后安详离世，在临终前看到了自己著作献给皇帝的场景，实现了自己的人生理想。
