《瑠璃之岛》的故事发生在一个位于日本最南端的偏远海岛鸠海岛上，这里仅居住着49位居民和一所面临废止危机的小学。为了守护这片土地上的最后一点生机与活力，岛民们决定让一个外来的孩子来到岛上上学。于是，一位名叫仲间勇造的老人带着他的外孙琉璃从东京来到了这个小岛。琉璃是一个11岁的女孩，她寄养在福利院中，性格叛逆而独立，这正是岛上的孩子们所需要的活力和精神。然而，她的母亲并不希望她离开福利院，对这一决定强烈反对。但勇造坚信将琉璃带到这里可以让她找到归属感，于是冒险带着琉璃来到鸠海岛上。岛上居民们为欢迎新成员而欢聚一堂，却没料到琉璃的叛逆性格会给他们带来不少挑战。正当早苗老师试图帮助她适应岛上的生活时，一次突发事件差点让琉璃失去生命。在危急时刻，一个名叫川岛达也的东京美发师出现并救了她。从这一刻起，这个美丽而勇敢的女孩开始了她的新生活，同时也带来了希望和生机。随着故事的发展，琉璃与岛上居民之间的关系变得越来越紧密，而川岛也被这股不屈的精神所吸引，两人的命运也因此交织在一起，共同书写着属于他们的独特篇章。
