《重庆谍战》是一部以抗日战争为背景的历史谍战剧。故事发生在1937年，南京失守后，国民党政府迁往陪都重庆。为了应对日军频繁的空袭，提高情报获取能力，国民政府决定建立中国自己的密码情报机构——“黑室”。为此，他们派遣特工秦骜前往武汉，寻找世界著名的密码破译专家雅德利。在武汉，秦骜意外重逢了失散两年的未婚妻扈渝雯，却发现她已经成为中共地下党员陆涯的妻子。两人之间的纠葛和冲突逐渐升级，但最终为了共同的国家使命，他们选择了携手合作，一同将雅德利带到重庆。在“黑室”中，陆涯、秦骜等人团结一致，在破译日军情报方面取得了重大进展。然而，一场突如其来的危机打破了平静：三A级密码本失窃，“独臂大盗”的身份成为了悬案。经过一番周折和调查后，真相逐渐浮出水面，但更大的危险接踵而至——日本人在重庆策划了细菌战。面对这前所未有的威胁，陆涯、秦骜等人展开了一场生死较量。最终，在秦骜的牺牲与陆涯的智慧下，成功挫败了日军的阴谋，保卫了中国的大好河山。在抗战胜利的时刻，渝雯怀揣着无限的思念和对英雄的敬仰，默默守护着这片土地上无数英灵的灵魂。
