《智者无敌》的故事背景设定于1940年代的上海。抗战时期，中共特工“杜鹃”中村功（陈宝国 饰）在好友的帮助下，成功脱身于备受关注的“佐尔格”谍案，最终接任了上海特别行动处主任一职。然而，他的老友、情报员老郭却因被叛徒“白鸽”出卖而自杀身亡，这一事件令中共方面对中村功的身份产生了怀疑与信任的动摇。与此同时，特务机关长影佐祯昭（徐成峰 饰）更是紧盯着这位新任主任的一举一动，意图寻找证据证明其身份可疑。为了获取更多信息，影佐祯昭甚至安排了特高课长石川云子（田中千绘 饰），以卧底的方式潜入中村功的身边。与此同时，国民党情报部门也派遣情报科长董剑飞（丁志诚 饰）秘密潜入上海，意在刺杀中村功。中村功深知董剑飞的真实身份，并巧妙地与其周旋，最终将国民党内部的情报漏洞暴露无遗。在这错综复杂的关系网中，中村功凭借其广泛的人脉关系和智慧，不仅搜集到了大量日军的战略情报，尤其是关于日军即将展开大规模南下作战的具体部署。面对这一重要情报，中村功决定孤注一掷，以确保情报能够安全送达共党高层手中，并最终为抗日战争贡献力量。
