《五号特工组2》的故事再次将观众带入那个充满紧张与智慧较量的年代。在马云飞和高寒的婚礼当天，一位老朋友突然造访——“五号特工组”的元老老于请求他们再度出山，执行一项艰巨的任务：追查盗窃美国核武器资料的双料间谍吉川猛夫。这一次，高寒为了任务放弃新婚，与欧阳剑平和李智博一同前往云南；马云飞和何坚则被迫复出，五位成员——语言专家欧阳剑平、爆破专家李智博、特工马云飞、密码专家高寒、“神偷”何坚再次集结。与此同时，日本方面派出他们的杀手锏——酒井朝香，她是间谍界的顶级高手。任务的进展并不顺利，“五号特工组”因吉川猛夫同伙的阴谋而被捕入狱。他们在绝境中选择越狱，既要躲避美军追捕，又要追击吉川猛夫。最终，在一番艰苦卓绝的努力后，他们成功发现了失窃核武器资料，并揭露了美军内部的叛徒。然而，前方战场出现大规模病毒感染，“五号特工组”受命调查病毒源头，这不仅是一场智慧与勇气的较量，也是一次对人性和忠诚的深刻探讨。在这场惊心动魄的行动中，五位成员不仅要面对敌人的阴谋，还要克服内心的挣扎与牺牲。最终，他们在重重困难下成功保护了珍贵资料，并揭露了真正的幕后黑手——美国安全顾问罗特的真实身份，为整个抗战时期留下一段传奇故事。
