《4400 第三季》的故事在2006年再次展开，这一年里，世界经历了翻天覆地的变化。4400名被未来世界带离地球的人们在海滩事件后一年重新回到了现实世界，并且接受了一年的医疗观察和心理辅导。汤姆·布罗克斯（Tom Broyles）虽然能力有限，但最终克服了重重困难，从文书工作回归到他的专业领域。他不仅保护了自己的儿子免受不人道的政府实验，还为能够过上正常生活而激动不已。与此同时，戴安娜·斯普林菲尔德（Diana Springfield）在与一系列不称职的搭档合作后，找到了一个方法让汤姆重返工作岗位，并最终收养了马娅。理查德、莉莉和他们的六个月大的孩子依然住在远离乔纳森·科尔利（Jordan Collier）的山间小屋里。科尔利关闭了他的Arcadia Estates住宅，为4400人建造了一个避难所，并计划建立“4400人中心”，让公众有机会接触这些神秘人物。科尔利在与莉莉互动后出现了不良反应，但斯派恩医生（Shawn）及时救治了他，并最终成为他的监护人。随着关于4400人的流言四起，社会态度分化为两种：一种是接纳和包容；另一种则是恐惧和排斥。在这个充满未知与挑战的时期，每个人都在重新构建自己的生活轨迹，而他们的行为将决定未来人类的命运走向。
