在1997年的香港，叶胜辉（陶大宇 饰）是一位成绩卓越的警探。然而一次执行任务时，他误伤了一名无辜的学生，这场意外不仅摧毁了他的职业生涯，还让他精神崩溃。上级将他送至心理医生李嘉雯（李珊珊 饰）处接受治疗，而在此期间，叶胜辉经历了一系列诡异事件，却被告知这一切都是他的幻觉。为了帮助叶胜辉恢复常态，上司将其调往古董仓工作。在那里，他发现了一颗未被认领二十五年的神秘人头。正当叶胜辉准备离开时，江文杰（梁凯晴 饰）出现并认领了尸首。江文杰透露，这个案件与一个古老的灭门惨案有关，而关键人物竟是陈石（林家栋 饰）。在重新走访灭门案现场后，叶胜辉突然发现自己拥有了看见鬼魂的能力。随着故事的推进，叶胜辉和李嘉雯开始联手揭开尘封多年的真相。他们不仅要对抗那些企图利用案件的邪恶力量，还要面对自己内心的恐惧与创伤。《灵异侦缉档案》不仅是一次寻仇之旅，更是一场心理与精神上的双重挑战。
