1994年的《X档案》第二季中，穆德（David Duchovny 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 饰）在经历了一系列事件后，X档案暂时关闭。两人被分开，穆德从事监听工作，而斯科莉则回到了学院继续深造。某天，国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露了一个重要信息：在波多黎各接收到外星人的电讯。为了不让特种部队抢得先机，穆德决定只身前往波多黎各寻找证据。与此同时，斯科莉敏锐地从穆德留下的电子记录中发现了线索，并迅速赶往波多黎各。到达目的地后，穆德在当地找到了一个持有外星人画作的当地人，这幅画揭示了潜在的外星人来访迹象。然而，这位目击者却突然神秘离世，给调查增添了更多未知因素。斯科莉和穆德两人必须紧密合作，解开波多黎各之谜，追寻外星人的踪迹，并揭开背后的真相。
