《延安锄奸》讲述了1944年夏季的一段惊心动魄的故事。在护送中央首长前往西安途中，保安处特务队遭遇土匪袭击，导致多名战士牺牲，首长险些遇害。为侦破此案，边区保安处处长周劲立誓要将幕后敌人绳之以法。这次事件的策划者是反共救国军陕西地下工作站的特务陈纪元，他出身豪门，机智且富有胆识，但误入歧途追随汪精卫。尽管袭击未伤及首长，陈纪元仍如约提拔了负责此次行动的哥老会成员李青五。与此同时，中央情报部负责人李木派女战士晏西前往保安处工作，此举激怒了自尊心强的周劲。但得知晏西是一位无线电专业大学生后，周劲勉强接受了她，并让她负责监听电台。晏西的到来立即引发诸多小插曲，如周劲和同事们的反应，以及周边环境的变化。陈纪元在陕西地下工作站站长毛绪言的支持下策划潜入延安刺杀中共最高领导人毛泽东，但最终决定亲自执行这一计划。同时，另一对日本间谍孔凡、肖英夫妇也在同一时期抵达延安收集情报，并通过《解放日报》与日军保持联系。晏西发现了孔凡诗作中的一些特工密码迹象，引起了周劲的注意。随着日方特种部队训练加强，一场更为紧张激烈的对抗即将展开，不仅考验着特务们的能力，更让整个边区局势变得扑朔迷离。
