在20世纪40年代初，国际局势风云突变，古老的中华民族正处于生死存亡的关键时刻。日寇铁蹄肆虐，无数中华儿女为了民族大义，不惜抛头颅、洒热血。然而，也有一部分人为了私利而投敌叛国。国民党军统上海站站长侯坤的背叛，使抗战局势出现前所未有的危机。为了解决这一问题，国民党与共产党双方开始暗中策划，力求揪出危害抗战大业的汉奸和叛徒。为此，国民党的军统部门组建了一支名为“十三钗”的特别行动小组，由顾雪峰带队执行任务。这十三位成员个个身怀绝技，独立坚韧，她们肩负着艰巨的任务，与对手斗智斗勇。其中，李凤凰（韩雪饰）、徐子晏（徐百卉饰）和欧阳琴（赵兆饰），是这支行动小组的核心力量。在一系列与敌斗争的过程中，她们意外结识了一位伪装成牙医的地下党员郭春光（李超饰）。随着故事的发展，各路势力交错，暗潮汹涌，而十三钗的一号人物却迟迟没有现身。更为险恶的是，日军方面也在悄悄制定一个针对中国的阴谋计划。面对这场内外交困的局面，“十三钗”们将如何应对？她们又能否在复杂多变的局势中成功揭露叛徒并保护抗日大业？这一切悬念都将在《代号十三钗》中逐一揭晓。
