2001年的电视剧《末世黑天使 第二季》延续了前一季的故事线。Max为了摧毁基因库，重返Manticore基地，却在此遭遇了一个幼年版的自己，并因心脏受伤倒地。关键时刻，Zack捐献了自己的心脏救回了Max的生命。然而，Manticore秘密转移至一个隐蔽的退伍军人医院，并在此继续进行基因研究与训练，同时开发出X6、X7代转基因人。为了填补基因库被摧毁后的空白，Manticore指派给Max一名性伙伴——实际上是Ben孪生兄弟Alec，以便通过最原始的方式繁殖下一代。面对重重挑战，Max从未放弃逃出Manticore的计划，她秘密挖掘了一条从自己房间通向地下室的通道。在地下室内，Max发现了X5之前的几代转基因人，这些人的外貌因融合了过多动物基因而与人类差异较大，甚至包括神秘的“第一个狗人”Joshua。最终，在Alec和Joshua的帮助下，Max成功逃离了Manticore。但Manticore设下了陷阱，为了防止Logan的病毒扩散，他们给Max种上了专门对付Logan的病毒。这种病毒要求一旦Max与Logan有身体接触，Logan就会中毒身亡。唯一能解毒的方法是一支珍贵的解药。为了保护爱人，两人不得不在社会中保持一定的距离。与此同时，Manticore发现Max的基因组合是无瑕疵且最完美的。一个神秘组织已经存在了几千年，并通过正常的生育手段来选择和繁殖优秀的基因突变人。“父亲”——即组织成员之一，在创立了Manticore之后，一直精心设计着Max的特殊使命。为了揭示“父亲”的真面目以及解开Max身上的谜团，Max决定潜入Manticore，最终彻底摧毁了该机构，并成功将地下室中的转基因人们全部释放出来，展开了一段充满未知与挑战的新旅程。
