《神医下山第二季》延续了第一季的故事线，讲述了神医沈家后人沈若兮为了救治苍生，离开隐秘的家族宅院，行走于民间的故事。与第一季不同的是，第二季中沈若兮不仅要面对各种复杂的人际关系和错综复杂的江湖恩怨，还要应对突如其来的灾难和阴谋。在这一季中，沈若兮来到了一座偏远的小城，这里正遭受着一场罕见的瘟疫侵袭，无数百姓的生命垂危。为了寻找解救之法，她深入民间，结识了一群性格各异、拥有特殊技能的好友，如精通草药识别的草药师、能够预测天气变化的气象学家等，他们共同组成了一个临时的小团队。与此同时，沈若兮还邂逅了一个对她既崇拜又嫉妒的年轻人，两人之间产生了误会和矛盾。在经历了一系列波折后，沈若兮凭借她的聪明才智和医术，在好友们的帮助下成功研制出了解药，并救治了无数病人。最终，她不仅解开了自己身世的秘密，也揭穿了一起精心策划的阴谋。本季剧情更加紧凑、扣人心弦，融入了大量的民间传说与历史背景，将传统中医文化和现代医疗理念巧妙结合，呈现了一场视觉与心灵的盛宴。
